重庆医科大学审计处设立于1989年，是学校负责内部审计工作的职能部门，内设综合审计科、基建审计科两个科室。审计处现有工作人员7人，其中高级技术职称5人。主要职责包括：建立健全内部审计制度；对学校财务收支和预算管理进行审计；对学校固定资产投资项目进行审计；对学校内部控制及风险管理情况进行审计；对学校办学、科研、后勤保障等主要业务活动的管理和效益情况进行审计；对学校内部管理的领导人员履行经济责任情况进行审计；督促落实审计发现问题的整改工作；国家有关规定和学校要求办理的其他事项。