重庆医科大学审计处下设综合审计科和基建审计科两个科，主要负责对学校财政财务收支、经济活动、内部控制、风险管理等实施独立、客观的监督、评价和建议。

在学校党委和行政领导下，审计处紧紧围绕学校的发展战略和工作规划，紧跟学校建设发展步伐，聚焦重点建设项目、重大资金使用、重要经济活动，开拓创新、规范管理、防范风险、突出重点、强化监督，不断提升审计监督效能，开创审计工作新局面，充分发挥了内部审计作用，先后荣获“全国内部审计工作先进集体”“重庆市内部审计工作先进集体” “重庆市教育审计先进集体”等荣誉称号。